O Grêmio Barueri nasceu em 1989 em março com o objetivo de implementar as atividades esportivas.

Em 2000 ingressou-se no futebol profissional. Disputou o Campeonato Paulista da Segunda Divisão na categoria Sub-20, ficando com o vice campeonato. No ano seguinte, convidado para disputar a tradicional Copa São Paulo de Futebol Júnior,fez a melhor campanha sendo campeão em cima do São Paulo Futebol Clube. Assim, em 2001, o Grêmio Barueri estreou no futebol profissional, disputando o Campeonato Paulista da Série B-3.

Desde então, o futebol profissional ganhou sete acessos – 5 no futebol paulista e 2 nos Campeonatos Brasileiros das Séries C e B – e olha que muitos deles consecutivos. Nos últimos anos a equipe tem apresentado rendimento muito bom: em 2006 foi campeão paulista da Série A-2 – conquistando acesso para a Série que é a divisão profissional – e encerrou a disputa do Campeonato Brasileiro da Série C na quarta posição – conquistando acesso para a Série B. Já em 2008 foi o campeão do  Torneio do Interior do Campeonato Paulista Série A, eterminou a disputa do Campeonato Brasileiro da Série B também na quarta posição – conquistando mais um acesso para a Série A  em 2009. nesse ano conquistou a 11 posição e se classificou para copa sul americana

Em julho de 2008 se tornou um clube-empresa.

Em dezembro de 2009, o clube se mudou para Presidente Prudente mudando também seu nome para Grêmio Prudente.